A genetikai adatbázisok egyik nagy problémáját oldja meg ez az új szoftver
A közelmúltban számos nagyszabású genomszekvenálási kezdeményezés indult azzal a céllal, hogy a rovarok, gerincesek, gombák, növények vagy végső soron a Föld teljes eukarióta (valódi sejtmaggal rendelkező) biodiverzitásának genomját feltérképezze. A technológiai fejlődés és a genomszekvenálási költségek zuhanása pedig a genetikai adatbázisok soha nem látott mértékű növekedéséhez vezet.
Téves genomadatok “szennyezik” az adatbázisokat
Különböző biológiai vagy technikai problémák miatt azonban a genomok olyan szekvenciákat is tartalmazhatnak, amelyek nem az adott élőlényhez tartoznak. A tartósított múzeumi és a természetes környezetből vett (metagenomikai) minták is különösen érzékenyek a szennyeződésre.
Ha nem fordítanak rá kellő figyelmet, a szennyezett referenciagenomok pontatlanul megjelölt szekvenciaadatokkal “mérgezik meg” a nyilvános adatbázisokat.
A Szegedi Biológiai Kutatóközpont (SZBK) munkatársai olyan szoftvert fejlesztettek, ami ezen adatok megtisztításában segít. A nemzetközi együttműködéssel, Nagy László, az SZBK Biokémiai Intézet Szintetikus és Rendszerbiológiai Egységének csoportvezetője irányításával született publikáció az adatbázisokba tévesen feltöltött, idegen szekvenciákkal szennyezett genomadatok lehetséges következményeivel és a szennyezések kitisztításával foglalkozik.
Szekvenciatisztító-szoftver
A szegedi kutatók egy olyan új számítógépes szoftvert készítettek, amely a korábbi megoldásokhoz képest lényegesen pontosabban azonosítja be és távolítja el a genomi adatokban megbúvó szennyeződéseket. Még akkor is, ha az egy közeli rokon fajtól származik, miközben az élőlények közötti tényleges genetikai információátadás, a horizontálisan géntranszfer révén szerzett géneket érintetlenül hagyja.
A kutatók a 844 megvizsgált eukariótagenom több mint felében mutattak ki bizonyos mértékű szennyeződést, melyek döntő többsége baktériumokból származott. A szennyeződés néhány esetben akkora mértéket öltött, hogy a közzétett genomadatokból egy második élőlény közel teljes genomja rekonstruálható volt.
A publikáció részletes példákon keresztül illusztrálja, milyen torzító hatással vannak a szennyező szekvenciák azokra a kísérletekre, amelyek az egyedi géncsaládok és az egyes élőlények evolúciós történetét szeretnék feltárni. Az együttműködésben résztvevő kutatók remélik, hogy az eredményeikkel sikerül felhívniuk a tudományos közösség figyelmét a genomi szennyeződések eltávolításának fontosságára, valamint hogy a kifejlesztett szekvenciatisztító-szoftver az általánosan elfogadott genomi elemzési munkafolyamatok részévé válhat.
Forrás: MTI, kép: Unsplash
Hozzászólásokhoz gördülj a kapcsolódók alá!
Kedves olvasó,
ha nem vagy még támogató, lépj be a Klubba ITT. Csupán havi két kiló kenyér áráért, 2200 forint támogatásért elérsz minden támogatói tartalmat, a heti videókat és írásokat is. Alkalmi támogatásra Paypalon keresztül van lehetőség (kattints a kis gombra!).
Ha egyik mód sem megfelelő, de szeretnéd támogatni a Cenwebet és a rezervátumot, akkor keress minket mailben a hello@centauriweb.hu vagy a centauri16@gmail.com címen. Segítségedet előre is megköszönve, és remélve, hogy szövetségesek leszünk.
még több genetika
még több SZBK
